[[heading]]
Recherche
Encadrement :
Je suis actuellement étudiant en doctorat sous la tutelle de Laurent Pujo-Menjouet (Institut Camille Jordan, Université Claude Bernard Lyon 1) et Suzanne Sindi (University of California, Merced). Je fais partie de l'Institut Camille Jordan et de l'équipe projet DRACULA à l'INRIA Rhône-Alpes.
Projets :
- Prions et diversité structurelle (projet de thèse): utilisation d'outils de modélisation mathématique (équations différentielles ordinaires et aux dérivées partielles, systèmes dynamiques) pour étudier les phénomènes de prions: auto-agrégation et changement de conformation de protéines. Les origines et les implications de la diversité structurelle des agrégats sont des points d'intérêt particuliers.
- Alzheimer et oligomères d'Aβ: projet entamé lors du CEMRACS 2018. Etude de l'influence de la propagation spatiale des oligomères dans les premières étapes de la maladie.
Publications
2020
- Lemarre P., Pujo-Menjouet L., Sindi S.S., A unifying model for the propagation of prion proteins in yeast brings insight into the [PSI+] prion, PLoS Comput Biol 16(5): e1007647 (2020). https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1007647
2019
- Andrade-Restrepo M., Lemarre P., Pujo-Menjouet L., Tine L., Ciuperca S., Modeling The Spatial Propagation of Aβ Oligomers in Alzheimer's Disease, CEMRACS 2018 - Numerical and mathematical modeling for biological and medical applications: deterministic, probabilistic and statistical descriptions (2019), https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02414660
2018
- Lemarre P., Pujo-Menjouet L., Sindi S.S., Generalizing a Mathematical Model of Prion Aggregation Allows Strain Coexistence and Co-Stability by Including a Novel Misfolded Species, Journal of Mathematical Biology (2018), https://doi.org/10.1007/s00285-018-1280-4, (PDF)
CV
Education
- (depuis 2017) Université Claude Bernard Lyon 1, thèse
- (2016-2017) Université Claude Bernard Lyon 1, master 2 recherche "Maths en Action", filière Mathématiques pour la Biologie et la Médecine
- (2014-2017) Ecole Centrale de Lyon, diplôme d'ingénieur filière Mathématiques et Ingénierie du Risque
Conférences and seminaires
- CEMRACS 2018: participation à l'école d'été CEMRACS 2018. Travail en collaboration avec Martin Andrade Restrepo, sous la tutelle de L. Pujo-Menjouet, L. Matar-Tine et I.S. Ciuperca. Projet de modélisation de la propagation spatiale des oligomères d'Aβ dans les premières étapes de la maladie d'Alzheimer.
- SMB Annual Meeting 2019: présentation donnée lors de la réunion annuelle de la Society for Mathematical Biology (Montreal, Canada, 22-26 Juillet 2019, programme)
Enseignement
- Printemps 2019: Assistant professeur à l'University of California, Merced, pour les cours MATH 101 (Analyse Réelle) et MATH 146 (Algèbre Linéaire Numérique)
- Automne 2019: Assistant professeur à l'Ecole Centrale de Lyon, pour les cours de Mathématiques tc1 (Applied Analysis) et Mathematiques tc2 (Numerical Analysis)
Contact
lemarre[at]math[dot]univ-lyon1.fr
plemarre[at]ucmerced[dot]edu
Adresse
Université de Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS UMR 5208, Institut Camille Jordan, 43 blvd. du 11 novembre 1918, F-69622 Villeurbanne cedex, France
https://orcid.org/0000-0001-9615-2188Research
Advisorship :
I am a PhD student under co-advisorship of Laurent Pujo-Menjouet (Institut Camille Jordan, Université Claude Bernard Lyon 1) and Suzanne Sindi (University of California, Merced). I am part of the Institut Camille Jordan and the project team DRACULA from INRIA Rhône-Alpes.Projects :
- Prion processes and structural diversity (thesis project): we aim at using mathematical modeling tools (ordinary and partial differential equations, dynamical systems) to study protein self-aggregation and conformational changes. We are particularly interested in the origin and the implications of structural diversity of aggregates, in multiple contexts including neurodegenerative diseases and yeast prions.
- Alzheimer and Aβ oligomers: started during the CEMRACS 2018. Investigation the influence of Aβ oligomers during the early stages of the disease, especially their spatial propagation and their neurotoxicity.
Publications
2020
- Lemarre P., Pujo-Menjouet L., Sindi S.S., A unifying model for the propagation of prion proteins in yeast brings insight into the [PSI+] prion, PLoS Comput Biol 16(5): e1007647 (2020). https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1007647
2019
- Andrade-Restrepo M., Lemarre P., Pujo-Menjouet L., Tine L., Ciuperca S., Modeling The Spatial Propagation of Aβ Oligomers in Alzheimer's Disease, CEMRACS 2018 - Numerical and mathematical modeling for biological and medical applications: deterministic, probabilistic and statistical descriptions (2019), https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02414660
2018
- Lemarre P., Pujo-Menjouet L., Sindi S.S., Generalizing a Mathematical Model of Prion Aggregation Allows Strain Coexistence and Co-Stability by Including a Novel Misfolded Species, Journal of Mathematical Biology (2018), https://doi.org/10.1007/s00285-018-1280-4, (PDF)
CV
Education
- (since 2017) Université Claude Bernard Lyon 1, PhD student
- (2016-2017) Université Claude Bernard Lyon 1, Master of Science "Maths en Action", in Applied Mathematics for Biology and Medecine
- (2014-2017) Ecole Centrale de Lyon, engineering degree, major in Applied Mathematics
Conferences and seminars
- CEMRACS 2018: participation in the summer school CEMRACS 2018. Joint work with Martin Andrade Restrepo, advised by L. Pujo-Menjouet, L. Matar-Tine et I.S. Ciuperca. Project on modeling the spatial propagation of Aβ oligomers during the early stages of Alzheimer's disease.
- SMB Annual Meeting 2019: short talk given at the Annual Meeting of the Society for Mathematical Biology (Montreal, Canada, July 22-26 2019, see program here)
Teaching
- Spring 2019: Teaching assistant at University of California, Merced, for classes MATH 101 (Real Analysis) and MATH 146 (Numerical Linear Algebra)
- Fall 2019: Teaching assistant at Ecole Centrale de Lyon, classes Mathematics tc1 (Applied Analysis) and Mathematics tc2 (Numerical Analysis)
Contact
lemarre[at]math[dot]univ-lyon1.fr
plemarre[at]ucmerced[dot]edu
Address
Université de Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS UMR 5208, Institut Camille Jordan, 43 blvd. du 11 novembre 1918, F-69622 Villeurbanne cedex, France